En 2009, une étude du Muséum d’histoire naturelle et du comité français de l’Union internationale pour la conservation de la nature montrait qu’en France une espèce de poissons migrants sur cinq est menacée.

Toujours selon l’étude, trois poissons sont classés en catégorie « en danger critique d’extinction » dans nos rivières du grand sud. Il s’agit de l’Anguille, l’esturgeon, et le chabot du lez.

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Il faut savoir que plusieurs dangers menacent les poissons migrants, notamment les gravières, où l’extraction des granulats détruit l’habitat d’animaux comme la lamproie. Mais aussi, l’assèchement de certaines zones humides, ou encore le curage des fossés. Ce dernier à pour effet de supprimer les lieux de vie ou de reproduction de certains poissons (y compris le brochet qui reste présent grâce aux pêcheurs qui ensemencent les lacs collinaires).

trois poissons sont classés en catégorie « en danger critique d’extinction » dans nos rivières du grand sud

Seuls des efforts globaux pour préserver ou réhabiliter les habitats et réduire les contaminations à l’échelle des bassins versants garantiraient leur viabilité, avec des risques de redistributions spatiales importantes des espèces pour s’adapter au changement des conditions hydroclimatiques (migration vers le nord des aires de répartition). En attendant les scientifiques étudient la biologie et l'écologie de ces poissons et élaborent des modèles de dynamique et d’évolution spatiale des populations afin de proposer des modes de gestion efficace.

Cependant, le plus grand danger pour ces poissons migrateurs reste les barrages, très nombreux sur le bassin de la Garonne. En effet, selon un communiqué de presse, ces ouvrages hydroélectriques restent handicapants pour nos migrateurs même si sur beaucoup il y a des ascenseurs ou des passes à poissons, peu de poisson arrivent sur les frayères de montagne.

La population de grande alose du bassin Gironde Garonne Dordogne s'est brutalement dégradée ces 2 dernières années ; les chercheurs avaient annoncé ce déclin depuis l'automne 2003 en constatant le faible recrutement en juvéniles d’alose (alosons) après un été 2003 particulièrement chaud ; le phénomène s'est renouvelé les années suivantes.