Chikungunya à la Réunion le virus a évolué

Chikungunya - Une enveloppe supplémentaire de 12 millions d'euros va être accordée à La Réunion pour lui permettre d'assurer le fonctionnement de ses nouvelles capacités sanitaires après la récente épidémie de chikungunya. En visite à La Réunion et à Mayotte, du 17 au 19 mai, le Premier ministre a également annoncé l'installation d'un centre de recherche et de veille sanitaire d'ici à la fin de l'année et de nouvelles aides pour assurer la promotion du tourisme et développer les infrastructures touristiques de l'île.

Pour Dominique de Villepin, « Je suis heureux de vous retrouver ce matin, au terme de cette visite. Mon premier message sera pour réaffirmer l'engagement de toute la nation rassemblée aux côtés des Réunionnaises et des Réunionnais. » Le premier ministre a précisé que « Aujourd'hui la Réunion est dans l'épreuve. Je veux saluer le courage des Réunionnais et la mobilisation de tous face au chikungunya. Ici chacun se mobilise pour venir en aide à ceux qui souffrent et pour surmonter la crise : Les services de l'Etat, sous la conduite du préfet, sont à pied d'œuvre pour soutenir les Réunionnais et accompagner leurs initiatives. Je me suis rendu hier au PC crise de la Préfecture à Saint-Denis et au PC de la région Est à Saint-Benoît : partout j'ai vu cette même volonté de prendre les problèmes à bras le corps, de ne rien négliger et de porter secours à chacun. Les personnels des hôpitaux et des cliniques et les médecins libéraux sont présents nuit et jour aux côtés des malades, pour apaiser leur douleur et les soigner. Ils se dépensent sans compter pour que chacun, même au plus fort de la crise puisse être pris en charge le mieux possible. »

Chikungunya à la Réunion le virus a évolué

L'histoire évolutive du virus du Chikungunya dans l'Océan Indien a été retracée grâce à la génomique. Les génomes de 6 souches virales, totalement séquencées par des chercheurs de l'Institut Pasteur, ont pu ainsi permettre de retracer l'origine et l'évolution du virus Chikungunya dans l'Océan Indien grâce au séquençage total du génome de six souches virales isolées chez des malades de La Réunion et des Seychelles. Ils ont également procédé au séquençage partiel de la protéine E1 du virus chez 127 patients de La Réunion et des îles voisines (Madagascar, Seychelles, île Maurice, Mayotte).

L'histoire évolutive du virus Chikungunya dans l'Océan Indien retracée grâce à la génomique. Les génomes de 6 souches virales ont été totalement séquencés par Pasteur. Des chercheurs de l'Institut Pasteur ont pu retracer l'origine et l'évolution du virus Chikungunya dans l'Océan Indien grâce au séquençage total du génome de six souches virales isolées chez des malades de La Réunion et des Seychelles, ainsi qu'au séquençage partiel de la protéine E1 du virus chez 127 patients de La Réunion et des îles voisines (Madagascar, Seychelles, île Maurice, Mayotte). Leur étude, publiée dans PLoS Medicine, ouvre des pistes de recherche pour expliquer l'ampleur de l'épidémie ainsi que la survenue de formes graves de la maladie.

Pour la première fois, des séquences génomiques complètes du virus Chikungunya ont pu être caractérisées à partir d'isolats viraux obtenus après un faible nombre de passages en culture cellulaire et donc très proches des virus cliniques, alors que les génomes complets caractérisés jusqu'alors concernaient des souches de laboratoire. Cette étude initiée au Centre National de Référence des Arbovirus a pu être poursuivie à grande échelle grâce à la plate-forme de Génotypage des Pathogènes et Santé Publique de l'Institut Pasteur. Ce travail a été engagé pour mieux comprendre l'origine et l'évolution des virus responsables de l'épidémie majeure qui sévit dans l'Océan indien depuis début 2005, et qui a causé depuis mars 2005 environ 255 000 cas sur l'île de La Réunion, et depuis janvier 2006, plus de 6 000 cas à Mayotte, près de 9 000 cas aux Seychelles, 6 000 cas à l'île Maurice, 8 cas aux Comores et deux cas à Madagascar (bilan de l'Institut de veille sanitaire, début mai 2006).

L'étude a été coordonnée par Sylvain Brisse, responsable de la Plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé Publique de Pasteur Genopole Ile-de-France et par Isabelle Schuffenecker, du Centre National de Référence des Arbovirus de l'Institut Pasteur localisé à Lyon, en collaboration avec plusieurs équipes de l'Institut Pasteur à Paris, et avec des cliniciens et des virologistes de l'île de La Réunion, de Madagascar (Institut Pasteur), de Mayotte et des Seychelles.

Elle démontre d'abord que les souches virales de l'Océan Indien sont proches entre elles et apparentées aux souches d'Afrique de l'Est, Centrale et du Sud isolées entre 1952 et 2000 : les virus ayant émergé dans les îles de l'Océan Indien ont donc vraisemblablement été importés depuis le continent africain. Ce scénario est compatible avec les échanges de populations entre l'Afrique de l'Est et les Comores, où l'épidémie a commencé début 2005. D'autre part, des modifications dans les génomes viraux au fil de l'épidémie, et notamment l'émergence et la prédominance d'un génotype particulier à partir de septembre 2005, suggèrent une évolution adaptative des souches virales.

Le séquençage du génome complet d'une souche virale isolée du liquide céphalo-rachidien (LCR) d'un patient réunionnais atteint de méningo-encéphalite a mis en évidence plusieurs mutations, causant des substitutions d'acides aminés, qui sont propres à cet isolat clinique. Des études sont en cours pour déterminer si ces substitutions sont associées d'une part à la neurovirulence du virus Chikungunya et d'autre part à une plus grande efficacité de la multiplication virale.

Des "signatures moléculaires" des virus, véritables empreintes génétiques, au niveau de la protéine d'enveloppe E1 du virus ont également été trouvées. En effet, la structure tridimensionnelle de E1 d'un alphavirus très proche, le virus de la Forêt de Semliki, avait été réalisée auparavant par l'équipe de Félix Rey et ceci a permis de modéliser la protéine E1 du virus Chikungunya, afin de localiser les mutations. Une de ces signatures, qu'on ne trouvait pas au début de l'épidémie, est devenue prédominante à partir de septembre 2005 dans les souches réunionnaises, précédant donc de peu l'explosion épidémique. Les auteurs suggèrent qu'elle serait à l'origine d'une adaptation au moustique Aedes albopictus, qui n'était pas connu jusque là pour être un vecteur du virus Chikungunya : la protéine E1 est en effet impliquée dans l'attachement du virus aux membranes cellulaires du moustique. La position de cette signature moléculaire sur la protéine E1, est en effet connue pour influencer la multiplication du virus chez le moustique vecteur.

Ce travail ouvre la voie à des études fonctionnelles qui permettront d'avancer dans la connaissance du virus Chikungunya. Comme le soulignent les auteurs "l'ampleur de l'épidémie dans l'Océan Indien et le fait qu'elle ait touché un pays très médicalisé a conduit à la description de nouvelles formes cliniques de la maladie et mis en évidence le manque critique de connaissances sur la physiopathologie de la maladie et la biologie du virus".

Une douzaine d'équipes à l'Institut Pasteur travaillent depuis plusieurs semaines à dévoiler les mystères du virus Chikungunya. La présente étude vient enrichir les pistes de recherche dont disposent les scientifiques et aidera à moyen terme à développer des outils pour combattre cette maladie négligée.

Ce travail a reçu le soutien du Réseau National des Génopoles et de l'Institut de Veille Sanitaire.

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