Le problème de cette source d'énergie réside toutefois dans l'émission de CO2 issue de sa combustion . L'Agence internationale de l'énergie (AIE) prévoit que d'ici à 2030 ces émissions devraient croître de 62%. L'industrie charbonnière et plusieurs gouvernements travaillent à l'amélioration de cet aspect. Le gouvernement américain va investir 700 millions de dollars et l'industrie 250 millions de dollars dans la technologie afin de réduire les émissions de CO2. Le recours au stockage du CO2 en sous-sol associé à l'amélioration des technologies utilisées dans les centrales telles la gazéification du charbon et la liquéfaction sous forme de pétrole du gaz obtenu, permettrait de réduire à zéro les émissions vers 2025.