Rétablissement de la continuité écologique des cours d'eau. L’objectif est de financer des actions indispensables au rétablissement de la continuité écologique au sein des réseaux hydrographiques. Celle-ci est aujourd’hui compromise par la présence d’environ 50 000 ouvrages barrant les cours d’eau, parmi lesquels 45 000 sont sans usage, et 2 000 utilisés pour la production d’électricité et le reste pour la régulation hydrologique principalement. Comment ? Tripler le taux plafond de la redevance due par les exploitants d’ouvrages hydroélectriques (redevance pour prélèvements sur les ressources en eau - LFR 2008, art. 132).

La nouvelle fiscalité environnement prévoit différentes mesures pour renforcer la protection de l'environnement.

Agriculture des Forêts. L’objectif est de mobiliser plus efficacement les ressources forestières nationales en cohérence avec le développement de la biomasse comme source d'énergie renouvelable. Comment ? En améliorant de différentes manières la réduction d’impôt sur le revenu « DEFI forêt » dont bénéficient les personnes qui réalisent des investissements en faveur de la restructuration foncière forestière (LF 2009, art. 112). Mais aussi en instaurant un système d’amortissement dégressif en faveur des investissements effectués par les entreprises de première transformation du bois (LF 2009, art. 20).

Agriculture biologique. L’objectif est de soutenir l’évolution de l’agriculture biologique.

Comment ? En doublant le crédit d’impôt dont bénéficient les exploitants concernés (LF 2009, art. 121). Mais aussi par une exonération de taxe foncière sur les propriétés non bâties en faveur des terres exploitées selon un mode de production biologique (LF 2009, art. 113).

Risques de pollution. L’objectif est de diminuer les émissions polluantes des installations industrielles. Comment? Par une taxation des particules totales en suspension (LF 2009, art. 29) en passant par une instauration d’une nouvelle TGAP dont l’assiette est composée par les quantités de poussières totales en suspension qui incluent les particules émises et notamment les PM10 et PM 2,5. Une prorogation de divers dispositifs d’amortissement exceptionnels applicables aux matériels destinés à réduire le niveau acoustique d’installations existantes, aux immeubles destinés à l’épuration des eaux industrielles ou à la lutte contre les pollutions atmosphériques ou les odeurs et aux constructions spécifiques aux installations de production agricole classées (LF 2009, art. 9).

Autres mesures sont prévues comme l’application d’un taux réduit de TIPP à l’aquagazole (LFR 2008, art. 76). Un relèvement de participation hydro-nucléaire (LFR 2008, art. 134) afin de financer les charges liées à la fourniture d’électricité au tarif réglementé transitoire d’ajustement du marché (TRTAM). Cette contribution est acquittée collectivement par les producteurs ayant plus de 2000 MW de capacité hydraulique et/ou nucléaire en France et est limitée à 1,3€/MWh. Un relèvement de la taxe additionnelle à la taxe sur les installations nucléaires de base (taxe additionnelle dite « recherche ») : le produit de cette taxe additionnelle est affectée au financement des études et recherches menées par l’Andra sur l’entreposage et le stockage en couche géologique profonde de déchets radioactifs (LFR 2008, art. 133). Une prorogation du dispositif fiscal d’amortissement exceptionnel des souscriptions au capital de sociétés agréées qui ont pour activité l’acquisition de contrats d’approvisionnement à long terme d’électricité (LFR 2008, art. 89). Et une renouvellement du dispositif d’amortissement exceptionnel applicable aux matériels prévus pour économiser l’énergie (LF 2009, art. 9).