R-Syst, une base de données ADN pour identifier la biodiversité 31/10/2008 11:02 (Par Pierre MELQUIOT)

R-Syst, une base de données ADN pour identifier la biodiversité
R-Syst, une base de données ADN pour identifier la biodiversité. Le développement de R-Syst a été rendu possible grâce aux nouvelles connaissances qui permettent à présent d’identifier un organisme grâce à la connaissance d’une partie de son ADN à la manière d’une empreinte digitale.

L’INRA a annoncé le lancement d’une base de données web pour l’identification d’espèces grâce à leur ADN : R-Syst. L’INRA met en effet au point la base de données R-Syst sur Internet qui permettra une « identification fiable et rapide d’organismes vivants grâce à l’intégration des connaissances acquises à l’INRA sur les plantes et animaux importants pour l’agriculture et l’environnement ».

 

Le développement de R-Syst a été rendu possible grâce aux nouvelles connaissances qui permettent à présent d’identifier un organisme grâce à la connaissance d’une partie de son ADN à la manière d’une empreinte digitale.

Depuis des années, les chercheurs de l’INRA étudient nombre d’organismes vivants qu’ils soient utiles pour l’agriculture et la forêt ou au contraire des ravageurs ou ennemis. Ces recherches ont une utilité sociale croissante dans de nombreux domaines : surveillance des ravageurs des cultures ou des vecteurs de maladies humaines, gestion de la biodiversité, traçabilité des bois, suivi de la qualité des eaux, …

Le développement de la base de données R-Syst a été rendu possible grâce aux nouvelles connaissances qui permettent d’identifier un organisme grâce à la connaissance d’une partie de son ADN.

Que ce soit pour empêcher une maladie mortelle des arbres de franchir nos frontières, pour comprendre quels moustiques propagent le chikungunya ou pour surveiller le déclin des pollinisateurs, la connaissance précise des organismes impliqués est primordiale. Le développement récent des recherches en génomique offre au chercheur un nouvel outil extrêmement fiable d’identification. En effet, chaque espèce se distingue par une particularité de son génome et permet d’être identifiée par l’analyse de son ADN qui est alors utilisé à la manière d’une empreinte digitale.

Les chercheurs de l’INRA qui ont de longues années d’expérience dans la description, la classification et la reconnaissance des organismes ajoutent à présent la connaissance du génome et de sa variabilité à leur panoplie. Toutes ces compétences vont être mises à disposition du plus grand nombre grâce à la constitution d’une base de données accessible par internet permettant une identification des organismes à partir du séquençage de leur génome qui devient une opération de plus en plus accessible.

L’utilisateur enverra l’échantillon à identifier, par exemple une chenille trouvée dans une pomme, à une société spécialisée qui en fera le séquençage. La séquence obtenue sera confrontée via la base de données R-Syst à la collection de séquences obtenues par l’INRA et d’autres organismes de recherche, et ainsi permettra l’identification rapide. Une fiche descriptive documentée et illustrée permettra à l’utilisateur d’en savoir plus et éventuellement d’obtenir des conseils sur la conduite à tenir.

La construction de la base de données R-Syst s’appuie sur un réseau de laboratoires de l’INRA et d’autres établissements qui entretiennent des collections d’organismes servant de références pour les identifications : Insectes ravageurs des plantes européens : 2000 espèces à l’INRA de Montpellier ; Pucerons de France et d’Europe : 600 espèces à l’INRA de Montpellier et Rennes ; Abeilles de France : 350 espèces à l’INRA d’Avignon ; Parasitoïdes : 50 souches de parasites d’œufs de lépidoptères ravageurs de cultures à l’INRA de Sophia ; Ravageurs forestiers : 200 ravageurs de quarantaine (c'est-à-dire interdits en France et sous surveillance) à l’INRA d’Orléans ; Champignons mycorhiziens utiles pour la forêt et l’agriculture : plusieurs milliers à l’INRA de Nancy ; Bactéries responsables de maladies des plantes : 5000 souches à l’INRA d’Angers ; Micro-algues : 300 espèces de diatomées à l’INRA de Thonon ; Arbres forestiers guyanais : collection vivante de 750 espèces  mise en place par l’IRD en Guyane.

Au total c’est plus de 30 personnes (chercheurs, ingénieurs et techniciens) de plusieurs organismes, aidés par plusieurs  bio informaticiens qui sont impliquées dans ce réseau au niveau national.

Le lancement du site web R-Syst est prévu pour 2009 avec dans sa première version 3 modules: arbres guyanais, insectes bioagresseurs et bactéries pathogènes des plantes.